住民税における医療費控除および確定申告数値算入漏れによる課税誤りについて

令和６年度・７年度の住民税課税においての医療費控除の算入漏れ、および令和７年度の住民税課税においての確定申告数値の算入漏れの事案が確認されました。
関係する皆様にご迷惑をおかけしたことを深くお詫び申し上げますとともに、再発防止に努めてまいります。

経緯

令和７年８月６日、住民の方からの問合せを受け担当職員が内容を確認したところ、確定申告の医療費控除が住民税の算定に反映されていないことが判明しました。
同様の者がいないか確認したところ、令和６年度課税14人、令和7年度課税12人、合計26人が反映されていませんでした。
さらに確認を進める中で、特定の条件に該当する４人分のデータが住民税の算定に反映されていないことも確認しました。

該当者および税額

• 還付(現年調整含む)：27人 総額423,000円
• 追加課税：２人 総額61,400円
• 税額に変更なし：１人

なお、医療費控除においては、住民税算定用所得額と確定申告額とに相違がある方のみが該当し、確定申告で医療費控除を申告された全員が該当したわけではありません。

原因

住民税の医療費控除においては、算定システムに控除額を入力する必要があったにもかかわらず、入力担当者が自動連携されると誤認識し入力していませんでした。
また、確定申告データにおいては、特定の条件に該当する４人分の確定申告データについて、本来は手動で入力すべきところ、自動取り込みされるものと誤認識し、入力をしていませんでした。
最終的にデータが反映されているかどうかの確認を怠ったことが原因です。

事案確認後の対応

• 該当者に対し訪問、電話により謝罪し、還付等の事務手続きを行いました。

再発防止策

• 課税の際は、入力データ反映の確認および内容の整合性の確認をおこないます。
• 特に誤りが発生しやすい部分について係内で共通認識を持ち、必ず事務引継をおこないます。